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CUTANATM ChIC/Cut & Run Kit 895.00 SKU: 14-1048包裝: 48個(gè)反應(yīng)

CUTANATM ChIC/CUT & RUN 試劑盒能夠簡(jiǎn)化組蛋白翻譯后修飾(PTM)和染色質(zhì)相關(guān)蛋白的染色質(zhì)分析，同時(shí)通過多通道移液提供增加的吞吐量和可重復(fù)性

包括陽性(H3K4me3)和陰性(IgG)對(duì)照抗體與 SNAP-CUTANATM 加入對(duì)照配對(duì)以進(jìn)行測(cè)定優(yōu)化和連續(xù)監(jiān)測(cè)(圖2)。包括用于數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的大腸桿菌 DNA。該試劑盒適用于各種輸入，包括來自天然、低溫保存或交聯(lián)樣品的細(xì)胞或細(xì)胞核。雖然建議從500,000個(gè)單元格開始，但是只需要5000個(gè)單元格就可以生成可比較的數(shù)據(jù)。包括對(duì)照和與不同的目標(biāo)類型，樣品輸入和低細(xì)胞數(shù)量的兼容性使這個(gè)試劑盒成為染色質(zhì)定位實(shí)驗(yàn)的選解決方案。如需大量訂購，請(qǐng)聯(lián)系

試劑盒內(nèi)容試劑盒包含緩沖液，酶，磁珠，對(duì)照抗體，穗對(duì)照，8條管，和自旋柱必要的準(zhǔn)備和純化 CUT & RUN DNA 從細(xì)胞或細(xì)胞核開始。有關(guān)協(xié)議所需的其他材料和設(shè)備，請(qǐng)參閱工具包手冊(cè)。儲(chǔ)存和穩(wěn)定性立即打開試劑盒，并在室溫，4 °C 和 -20 °C 下儲(chǔ)存組件，如所示(見試劑盒手冊(cè)的完整說明)。自收貨之日起6個(gè)月內(nèi)保持穩(wěn)定。完整說明請(qǐng)參閱工具包手冊(cè)。

Catalog No 14-1048

Lot No 22003004-81

包裝尺寸48反應(yīng)

產(chǎn)品描述: CUTANATM ChIC/CUT & RUN 試劑盒能夠?qū)M蛋白翻譯后修飾(PTMs)和染色質(zhì)相關(guān)蛋白進(jìn)行流線型染色質(zhì)分析，同時(shí)通過多通道移液提高通量和重復(fù)性。包括陽性(H3K4me3)和陰性(IgG)對(duì)照抗體與 SNAP-CUTANATM 尖峰對(duì)照配對(duì)用于測(cè)定優(yōu)化和連續(xù)監(jiān)測(cè)(圖2)。包括大腸桿菌 DNA 用于數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。該試劑盒適用于各種輸入，包括來自天然、低溫保存或交聯(lián)樣品的細(xì)胞或細(xì)胞核。雖然建議從500,000個(gè)單元格開始，但可比數(shù)據(jù)只需要5000個(gè)單元格即可生成。對(duì)照的包含，以及與不同的目標(biāo)類型，樣品輸入和低細(xì)胞數(shù)量的兼容性，使得這個(gè)試劑盒成為染色質(zhì)定位實(shí)驗(yàn)的選解決方案。

試劑盒內(nèi)容: 試劑盒含有緩沖液，酶，磁珠，對(duì)照抗體，穗在對(duì)照，8條管，和紡錘體必要的制備和純化 CUT & RUN DNA 從細(xì)胞或細(xì)胞核開始。有關(guān)所需的其他材料和設(shè)備，請(qǐng)參閱與套件版本3相對(duì)應(yīng)的用戶手冊(cè)。

儲(chǔ)存和穩(wěn)定性: 立即打開試劑盒，并按照指示在室溫，4 °C 和 -20 °C 下儲(chǔ)存組件(參見與試劑盒版本3相對(duì)應(yīng)的用戶手冊(cè))。自收貨之日起6個(gè)月內(nèi)保持穩(wěn)定。

使用說明: 請(qǐng)參閱與工具包版本3對(duì)應(yīng)的用戶手冊(cè)。此工具包與以前的用戶手冊(cè)不兼容。

圖1: CUT & RUN DNA 片段大小分布分析。使用 CUTANATM ChIC/CUT & RUNK 從500,000個(gè) K-562細(xì)胞開始進(jìn)行 CUT & RUN。使用從 IgG (13-0042k)和 H3K4me3(13-0041k)試劑盒對(duì)照抗體分離的 CUT & RUN DNA 制備配對(duì)末端 Illumina 測(cè)序文庫。文庫 DNA 采用安捷倫錄音分析法進(jìn)行分析。該分析證實(shí)單核小體在 CUT & RUN 中主要富集(? 300bp 峰代表150bp 核小體 + 測(cè)序銜接子)。

圖2: SNAP-CUTANATM K-MetStat Spike-in 控件。代表16種不同的 K- 甲基 PTM 狀態(tài): H3K4，H3K9，H3K27，H3K36和 H4K20處的單甲基化，二甲基化和三甲基化的 DNA 條形碼設(shè)計(jì)核小體(dNucs)以及未修飾的對(duì)照，在添加用試劑盒提供的對(duì)照抗體(IgG，H3K4me3)之前加入 CUT & RUN 樣品。使用加入產(chǎn)品頁面上提供的 shell 腳本和分析 excel 表，從 rawfastq 文件中計(jì)數(shù)和標(biāo)準(zhǔn)化每個(gè)加入條形碼的實(shí)例，顯示了 IgG (頂部，標(biāo)準(zhǔn)化為總讀數(shù)的總和)和 H3K4me3(底部，標(biāo)準(zhǔn)化為目標(biāo))抗體與該試劑盒一起提供。刺激因子證實(shí)了最佳的實(shí)驗(yàn)條件(H3K4me3抗體特異性地回收了目標(biāo) dNuc，而 IgG 沒有顯示出優(yōu)先富集)。

圖3: CUT & RUN 全基因組熱圖。使用具有500,000個(gè) K-562細(xì)胞的 CUTANATM ChIC/CUT & RUN 試劑盒生成 CUT & RUN 數(shù)據(jù)。在熱圖中顯示了 IgG (左)和 H3K4me3(右)試劑盒對(duì)照抗體的兩個(gè)重復(fù)(“ Rep")。對(duì)于18,793個(gè)基因，提供了與轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS，+/-2kb)對(duì)齊的 CUT & RUN 信號(hào)(來自9-2500萬個(gè)配對(duì)末端讀數(shù))。高信號(hào)和低信號(hào)按照強(qiáng)度排序(從上到下) ，并分別用紅色和藍(lán)色反射。每個(gè)熱圖中的基因行相對(duì)于 H3K4me3 Rep 1從高信號(hào)到低信號(hào)進(jìn)行排序，證明了試劑盒工作流程的可重復(fù)性。

圖4: 代表性的基因?yàn)g覽器軌跡。CUT & RUN 數(shù)據(jù)生成如圖3所示。對(duì)于 IgG 和 H3K4me3試劑盒對(duì)照抗體的兩個(gè)重復(fù)(“ Rep") ，在 TRMT2A 基因上顯示了一個(gè)代表性的161kbwindow。H3K27me3(AbClonal A16199)和轉(zhuǎn)錄因子 CTCF (EpiCypher 13-2014)的抗體也顯示了代表性的蹤跡。CUT & RUN 試劑盒為每個(gè)目標(biāo)產(chǎn)生了預(yù)期的基因組分布。使用 Integrative GenomicsViewer (IGV，Broad Institute)生成圖像。

使用核酸酶(CUT & RUN)進(jìn)行目標(biāo)下切割和釋放是由 Steven Henikoff1博士小組開發(fā)的一種革命性的基因組定位策略。它從 Ulrich Laemmli2博士構(gòu)建染色質(zhì)免疫切割(ChIC) ，其中蛋白 A 與微球菌核酸酶(pA-MNase)的融合被募集到原位選擇性切割抗體結(jié)合的染色質(zhì)3。在 CUT & RUN 中，細(xì)胞或細(xì)胞核被固定在固體支持物上，從溶液中分離出 pAG-MNase 切割的 DNA 片段。該工作流程與下一代測(cè)序(NGS)兼容，以提供組蛋白翻譯后修飾(PTM)和染色質(zhì)相關(guān)蛋白(例如 TFs 和染色質(zhì)重塑者; 圖1)的高質(zhì)量全基因組概況。

從歷上看，ChIP-seq 是組蛋白 PTM 和染色質(zhì)相關(guān)蛋白全基因組定位的主要方法。在這種方法中，大量染色質(zhì)被超聲波或酶消化破碎。然后免疫沉淀靶標(biāo)特異性片段。盡管有廣泛的優(yōu)化和嚴(yán)格的洗滌條件，ChIP-seq 需要大量的細(xì)胞(通常是105-106個(gè)細(xì)胞)和輸入染色質(zhì)和免疫沉淀物質(zhì)(通常每個(gè) > 3000萬讀數(shù))的深度測(cè)序來解析來自背景的信號(hào)。 ChIC 和 CUT & RUN 通過使基因組片段靶向釋放到溶液中來革命性地研究染色質(zhì)調(diào)節(jié)。通過這種創(chuàng)新，背景顯著減少，允許使用少量細(xì)胞和每個(gè)反應(yīng)只有300-800萬測(cè)序讀數(shù)的組蛋白 PTM 和染色質(zhì)相關(guān)蛋白的高分辨率基因組作圖(圖2)。精簡(jiǎn)的工作流程和節(jié)省的成本使得 ChIC/CUT & RUN 適合更大的實(shí)驗(yàn)吞吐量，允許更深入和更快速的調(diào)查發(fā)現(xiàn)表觀遺傳生物學(xué)。

圖2代表性的基因組瀏覽器軌跡顯示了使用500,000個(gè) K562細(xì)胞的 CUTANATM CUT & RUN 結(jié)果。對(duì)于各種表觀遺傳靶標(biāo)，包括組蛋白 PTM (H3K4me3，H3K27me3，H3K27ac) ，轉(zhuǎn)錄因子(CTCF) ，表觀遺傳閱讀蛋白(BRD4) ，使用每個(gè)反應(yīng)的300-800萬個(gè)測(cè)序讀數(shù)觀察到具有預(yù)期分布特征的清晰峰，編寫酶(MLL1)和染色質(zhì)重塑劑(SMARCA4)。兔 IgG 抗體顯示為陰性對(duì)照(上圖)。[0-301][0-301][0-418][0-926][0-180][0-332][0-95] IgGH3K4me3H3K27me3H3K27acCTCFBRD4MLLSMARCA4Fig 2TAL1 STIL CMPK1 LINC01389 FOXD2背景和描述7CUTANATM ChIC/CUT & RUN 試劑盒包含用于48種反應(yīng)的材料，設(shè)計(jì)用于多通道移液，以實(shí)現(xiàn) CUT & RUN 增加的吞吐量?jī)?yōu)勢(shì)。該試劑盒包括陽性(H3K4me3)和陰性(兔 IgG)對(duì)照抗體以及 SNAP-CUTANATM K-MetStat 小組(攜帶廣泛研究的賴氨酸甲基化 PTM 的16個(gè) DNA 條形碼設(shè)計(jì)者核小體)的等分試樣。K-MetStat 面板被加入到控制反應(yīng)中，直接監(jiān)控實(shí)驗(yàn)的成功并幫助故障排除。此外，剪切的大腸桿菌 DNA 被加入到 pAG-MNase 切割后的所有反應(yīng)中，以控制文庫的制備并使 NGS 標(biāo)準(zhǔn)化成為可能。該試劑盒與細(xì)胞和細(xì)胞核兼容，包括低溫保存和交聯(lián)樣品(圖3)。雖然建議從500,000個(gè)單元格開始，但是只需要5,000個(gè)單元格就可以產(chǎn)生可比較的數(shù)據(jù)(圖4)。包括嚴(yán)格的控制，以及與不同的目標(biāo)類型，樣本輸入和細(xì)胞數(shù)量的兼容性使試劑盒理想的各種研究應(yīng)用。

圖3H3K4me3富集區(qū)域側(cè)翼注釋轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSS，+/-2kb)的 CUT & RUN 信號(hào)(紅色)和背景(藍(lán)色)的熱圖?；蛐性谡麄€(gè)條件下排列，表明樣品類型保留了全基因組富集模式。

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