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    activemotif 常見問題問答

    發(fā)布時(shí)間: 2022-12-20  點(diǎn)擊次數(shù): 534次

    activemotif 常見問題問答

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    ATAC-Seq Kit常見問題

    1、此試劑是否和Buenrostro et alnature上發(fā)表的方法一樣?

    Active motif 基于最初Buenrostro 的文章和2017Corces et al. nature上發(fā)表的文章,優(yōu)化了緩沖液以滿足跟多的實(shí)驗(yàn)需求和高效的實(shí)驗(yàn)過程。

    2、試劑盒中包含的重組Tn5酶的來源是?

    此試劑盒中的Tn5是由我司克隆,表達(dá),純化,驗(yàn)證的超活性突變克隆。所提供的這款轉(zhuǎn)座酶預(yù)先已鏈接好用于NGS測(cè)序的接頭(adaptor)序列,所以它不許任何預(yù)處理過程,可直接用于實(shí)驗(yàn)。

    3、每個(gè)反應(yīng)需要使用的小的細(xì)胞數(shù)量或者組織量是多少?

    50,000個(gè)細(xì)胞或20 mg組織樣本。

    4、可以使用凍存的組織和細(xì)胞嗎?

          可以,但樣本得保證高質(zhì)量且高活性,細(xì)胞應(yīng)在控制速率冷凍中冷凍保存(例如細(xì)胞凍存液梯度凍存),冷凍介質(zhì)的配方應(yīng)防止冰晶形成和隨后的細(xì)胞損傷,組織應(yīng)在-80°C下快速冷凍。

    5、可將細(xì)胞核凍存后用于后續(xù)ATAC-seq實(shí)驗(yàn)嗎?

    可以的,提取的細(xì)胞核可以-80℃凍存用于后續(xù)使用。制備的同樣品細(xì)胞核可合并在一起增加樣本量。

    6、可以使用FACS分選后的細(xì)胞嗎?

    可能可以。但FACS后細(xì)胞可能會(huì)被破壞。一個(gè)高質(zhì)量的ATAC-seq 文庫需要高質(zhì)量高活性的細(xì)胞。

    7、您是否建議使用40微米篩孔的細(xì)胞樣本過濾器?

    是的,我們推薦使用Falcon 40微米過濾器(Falcon貨號(hào):352340)。

    8、所有樣本都需要DNase處理嗎?

    DNase的處理能夠幫助確定懸液中游離DNA的去除,如線粒體DNA的去除,如果細(xì)胞樣本中有15%的死亡率,細(xì)胞活性不夠且必須使用此酶,它最終可能會(huì)移除你想要的細(xì)胞數(shù)據(jù)。只有當(dāng)細(xì)胞是活較高時(shí),并且不會(huì)被酶消化時(shí),才建議將其作為一種選擇。

    9、若沒有thermomixer,是否還能使用此試劑盒?

    建議使用Thermomixer。然而,我們已經(jīng)對(duì)此進(jìn)行了測(cè)試,在37°C溫度下不使用thermomixer而是在帶熱蓋的熱循環(huán)器中進(jìn)行轉(zhuǎn)座反應(yīng),反應(yīng)能夠成功。

    10、      是否能夠室溫融化此試劑盒包含的所有試劑盒組分,如master mixes和酶?

    除了轉(zhuǎn)座酶和Q5 DNA polymerase 以外,其他試劑均可室溫融凍。轉(zhuǎn)座酶和Q5 DNA polymerase 包裝中含有甘油,不會(huì)被凍結(jié),請(qǐng)直接放在冰上使用。其他組分可融凍多次用于以后使用,所以不需要一次性將16次的試劑用完。

    11、      每個(gè)樣本需要測(cè)序多少量的reads?

    常規(guī)20 M reads的測(cè)序量就足夠了。

     

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